Durch Olsztyn fließen insgesamt drei Wasserläufe, der längste, die Łyna, mündet im Norden indie Pregel im Kaliningrader Bezirk. Die zwei anderen sind: die Wadąg, die einen Abschnitt derNordgrenze der Stadt bildet sowie der kleinste, die Kortówka.

Łyna ist insgesamt 264 km lang und beginnt am Dorf Łyna südlich von Olsztyn. Die Stadt selbstliegt im Łyna-Tal, das besonders nördlich von der Stadt malerische Landschaftsformen bildet.Der gesamte Abschnitt des Flusses in Olsztyn beträgt 13 km, hiervon auf einer Strecke im Stadtwaldund etwas früher durch die Altstadt. Der Fluss fügt sich schön in die Landschaft der altenStadt hinein. Auf der Łyna trifft man oftschwimmende Entenarten an, die nichtselten auch hier überwintern. Seit einigenJahren werden auf einem Flussabschnittin den Stadtgrenzen regelmäßig Paddelbootsfahrtenveranstaltet, die unterdem Motto „Auf der Łyna durch Olsztyn“stehen (Start unterhalb des Schlosses undZiel am Stausee bei der Mündung derWadąg in die Łyna.

Wadąg ist ein rechter Zufluss Łynasmit einer gesamten Länge von ca. 9 km. Er entspringt dem gleichnamigen See,der östlich Olsztyns in der benachbartenGemeinde Barczewo liegt. Die Mündungder Wadąg in die Łyna stellt eineder reizvollsten Stellen in Olsztyn dar.

Kortówka ist ein kleiner Fluss, derdem Ukiel-See entspringt, durch denKortowskie-See fließt und im südlichen Stadtteil in die Łyna mündet.