W obrębie miasta znajduje się osiem dużych jezior i kilka mniejszych – w sumie aż 11 akwenów o łącznej powierzchni ponad 700 ha – oraz wiele mniejsze oczka wodne. Mówiąc o jeziorach leżących w granicach miasta, nie sposób nie wspomnieć także o tych położonych bardzo blisko jego granic: Wadąg, Klebarskim, Linowskim, Bartąg i Wulpińskim. Olsztyńskie jeziora, położone na stosunkowo niewielkim obszarze, cechuje duża różnorodność, jeśli chodzi o wielkość, genezę, ukształtowanie linii brzegowej oraz występującą faunę i florę. Spotkamy tu liczne gatunki roślin oraz ptaków, m.in. łabędzie, żurawie, czaple, kormorany i kaczki. Olsztyńskie akweny są także zasobne w ryby, co czyni z nich miejsca atrakcyjne dla wędkarzy. Zorganizowane kąpielisko i rozbudowaną infrastrukturę turystyczną posiada jezioro Ukiel, które latem przyciąga najwięcej plażowiczów. Również znajdujące się w pobliżu miasteczka akademickiego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego Jezioro Kortowskie oraz zalesione w dużej części jezioro Skanda mają dobre warunki do kąpieli wodnych, opalania oraz uprawniania sportów wodnych.

Jezioro Ukiel (Krzywe) (pow. 412 ha, gł. 43 m) jest największym i najgłębszym jeziorem w Olsztynie. Położone jest w północno-zachodniej części miasta, pomiędzy osiedlami Dajtki, Gutkowo i Likusy. Linia brzegowa tego malowniczego akwenu liczy w sumie 22,5 km, tworzy wiele zatok i półwyspów, z których największy to Ostrów. Strefę przybrzeżną porasta trzcina, tatarak i sitowie. Z ciekawszych gatunków roślin spotkamy tu m.in. moczarkę kanadyjską i rogatka. W zacisznych miejscach jeziora gnieżdżą się kaczki, perkozy i łyski. Na nieodległym rozlewisku rzeki Korówki (pomiędzy jeziorem i torami kolejowymi w kierunku Warszawy) gniazdują mewy śmieszki, czernice, trzciniaki, pliszki i słowiki. Nad jeziorem usytuowane są ośrodki wypoczynkowe, restauracje, przystanie wodne oraz plaża miejska. Jest to najpopularniejsza plaża w Olsztynie, na której przez cały sezon są ratownicy. 

Jezioro Długie (pow. 27 ha, gł. 17,2 m) położone jest w zachodniej części Olsztyna. Zgodnie ze swoją nazwą jezioro ma wydłużony kształt i rozciąga się na długości ponad 1,5 km. Na wschód od północnej zatoki znajduje się wspomniany wcześniej rezerwat torfowiskowy Mszar. Nad brzegami akwenu, położonego w znacznej części w lesie, przebiega piękna trasa spacerowa, przy której znajdują się ławki i miejsca do urządzania pikników. W najwęższym miejscu brzegi akwenu połączone są drewnianym  ostem, nazywanym nieoficjalnie Mostem Zakochanych. Intensywną rewitalizację jeziora przeprowadzili naukowcy z Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego. Akwen jest  systematycznie zarybiany. 

Jezioro Kortowskie (pow. 95,5 ha, gł. 17 m) jest jedną z największych naturalnych atrakcji Kortowa, miasteczka akademickiego mieszczącego Uniwersytet Warmińsko-Mazurski. Do zbiornika wpadają małe śródleśne strumienie: Potok Leśny i Potok Starodworski oraz mała rzeczka Kortówka. Przy akwenie od strony Kortowa znajduje się plaża. Brzegi jeziora w wielu miejscach stykają się z lasem. Nad jeziorem znajduje się przystań, przy której działa wypożyczalnia sprzętu wodnego i restauracja.

Jezioro Skanda (pow. 52 ha, gł. 12 m) znajduje się na obrzeżach Olsztyna, a dokładniej w okolicach Osiedla Mazurskiego, jadąc w kierunku Szczytna. Na jeziorze jest spora wyspa o powierzchni ok. 13 a. Linia brzegowa jeziora jest urozmaicona, z licznymi zatoczkami – dwie większe znajdują się na zachodnim i wschodnim brzegu akwenu. Podobnie jak część innych olsztyńskich jezior, Skanda w dużej części otoczona jest lasem. Położona na jej brzegu duża piaszczysta plaża oraz nieodległe piaszczyste i strome leśne urwisko tworzą wspaniałe miejsce do wypoczynku. Dookoła prawie całego zbiornika można przejść ścieżką. Wędkarze lubią to jezioro ze względu na okazy, jakie można tu złowić – zwłaszcza duże liny, leszcze i szczupaki. 

Jezioro Track lub Trackie (pow. 53 ha, gł. ok. 5 m) położone jest w okolicach Osiedla Zielona Górka, przy północno-wschodnich krańcach miasta. Jego długość wynosi 1,5 km, zaś szerokość zaledwie 0,5 km. W najgłębszym miejscu ma niecałe 5 m. Jest to hydrologicznie zamknięte jezioro, które powstało na skutek zalania łąk wodą z ujęć melioracyjnych. Ma wydłużony kształt, z półokrągłą zatoką na środku północno-wschodniego brzegu i okresowo zalewaną wyspą. Jezioro Trackie ze względu na swoją wielkość i małą głębokość jest najszybciej zamarzającym jeziorem w okolicach Olsztyna, dlatego jest niezwykle popularne w środowisku żeglarzy lodowych – bojerowców. 

Jezioro Podkówka (pow. 7 ha) leży w okolicach Osiedla Likusy. Nazwa tego niewielkiego, otoczonego prawie zupełnie drzewami jeziorka, wzięła się od jego kształtu. Jezioro to nazywane jest też Kopytkiem lub Siginkiem. Nie ma żadnych połączeń wodnych. Jest cenione przez wędkarzy i spacerowiczów. 

Jezioro Redykajny (pow. 30 ha, gł. 21 m) położone jest w północnej części Olsztyna, w pobliżu Gutkowa. Jest zasobne w ryby. Brzegi jeziora są zalesione, miejscami wysokie i strome. Jezioro Sukiel (pow. 21 ha, gł. 25 m) znajduje się na Osiedlu Likusy. Długość jeziora – 0,7 km, a szerokość 0,4 km. Zbiornik otaczają jest na północnym wschodzie zabudowania, a na południu i wschodzie nieużytki i lasy. Akwen jest ceniony przez wędkarzy. 

Jezioro Tyrsko zwane też Żbik, Gutkowskie (pow. 19,5 ha, gł. 30,4 m) leży między osiedlami Gutkowo i Likusy. Jezioro nie ma dopływów i odpływów powierzchniowych, jest wydłużone w kierunku wschód–zachód. Zbiornik jest stosunkowo głęboki. Jezioro cechuje wysokie i dość strome nadbrzeże, nieco tylko łagodniejsze od strony wschodniej. Część nadbrzeża została przekształcona w tereny rekreacyjne. W latach 1957–1987 akwen był rezerwatem przyrody. 

Jezioro Starodworskie to niewielkie (pow. 6 ha, gł. 23,3m), lecz bardzo ciekawe jezioro. Z racji położenia na terenie Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego od lat stanowi zbiornik doświadczalny, w którym przeprowadzane są badania nad nowatorskimi metodami rekultywacji jezior, stosowanymi m.in. przy rewitalizacji Jeziora Długiego. W pobliżu jeziora znajduje się stadnina koni klubu kortowskiego, a także ławki i trakt spacerowy. 

Jezioro Czarne to malutkie jeziorko (pow. 1,5 ha, gł. 7,1 m), niedaleko plaży miejskiej obok jez. Ukiel. W latach 70. uruchomiono tu inwestycję, mającą na celu oczyszczenie pobliskiego Jeziora Długiego. Rekultywacja miała polegać na jego przepłukiwaniu. W tym celu połączono Jezioro Czarne kanałem otwartym z Jeziorem Krzywym oraz kanałem biegnącym pod ulicą Bałtycką z Jeziorem Długim.